Pada tanggal 19 Maret 2009 sejumlah siswa kelas XII SMA dan MA Fathan Mubina mengikuti ujian Beasiswa Santri Berprestasi Departemen Agama. Beasiswa ini ditujukan untuk seluruh siswa SMA/MA yang tinggal di pondok pesantren di seluruh Indonesia. Beasiswa yang sudah diadakan selama 5 tahun terakhir ini disambut positif oleh seluruh kalangan pondok pesantren di seluruh provinsi, karena bukan hanya biaya pendidikan saja yang dijamin oleh pihak Departemen Agama tetapi juga termasuk uang bulanan bagi mereka yang lolos seleksi. Untuk tahun 2009 ini Departemen Agama menyaring sebanyak 760 santri di seluruh Jawa Barat.
Pondok Pesantren Fathan Mubina telah meloloskan dua orang santri terbaiknya pada tahun kemarin pada tes saringan bea santri ini yaitu Moh Farhan dan Agha Farseen. Moh. Farhan lolos masuk ke Universitas Islam Negeri di Fakultas Kedokteran dan Keperawatan, sementara Agha Farseen lolos di Institut Teknologi Bandung Fakultas Informatika.
Untuk tahun ini Ponpes Fathan Mubina mengirimkan 8 orang siswa/siswa terbaiknya. Mereka di kirimkan ke Bandung, di mana ujian untuk wilayah provinsi Jawa Barat diadakan. Mereka itu adalah Sutisna, Fakhrul Umam, Dean Riza Rifanda, Lukmanul Hakim, Aan Nurhasanah, Siti Fatimah, Siti Nur Azizah dan Yai Yuliana. Mereka semua mengambil universitas dan jurusan yang berbeda-beda. “Insya Allah kami tetap optimis meskipun soal-soal yang diberikan kepada kami terbilang sulit” Imbuh salah seorang peserta Yai Yuliana. Ujian beasiswa santri ini berlangsung di MAN I Bandung, terhitung dari jam 7.00 s.d. 14.00. Materi Test masuk itu sendiri meliputi Test Skolastik, Test Kemampuan Akademik, Bahasa Inggris, dan Test Kepesantrenan.
Kepala Sekolah SMAIT Fathan Mubina, Bambang Handoko, S.Pd., menerangkan “Saya kira beasiswa ini bukan hanya membantu para siswa di dalam meneruskan studi mereka tetapi juga pihak pondok pesantren sendiri. Karena bagi para santri yang lulus tes seleksi dan kemudian kuliah, mereka dituntut untuk kembali ke pondok pesantren setelah mereka lulus untuk mengabdi memajukan pondok pesantren, lama pengabdiannya sendiri yaitu 3 tahun sampai dengan 5 tahun. Dan mereka telah menandatangani persetujuan pengabdian di pondok pesantren di atas materai, persetujuan ini diwajibkan oleh dan disertakan di dalam pengisian formulir. Insya Allah pondok pesantren akan semakin maju beberapa tahun yang akan datang karena diisi dengan SDM-SDM yang mumpuni.”
“Persiapan pengisian formulir sampai ujian kemarin memang cukup melelahkan, kita dari pondok pesantren berusaha sebisa mungkin untuk memberikan semua peluang bagi para santri untuk melanjutkan studi mereka. Beberapa database beasiswa telah kita kumpulkan jauh-jauh hari dan kita tawarkan kepada siswa/siswi kelas XII.. Tahun ini beasantri ini adalah beasiswa pertama yang mereka ikuti, selanjutnya akan ada beasiswa lain yang menunggu. Harapannya mudah-mudahan semua santri yang mengikuti tes lulus semua,” imbuh Ustadz Irvan Caesar Awaluddin yang terlibat langsung membimbing para peserta.