Terhitung dari hari Senin 28 Juli 2008 sampai hari Sabtu 03 Agustus 2008 acara Masta’arri (Masa Ta’arruf Santri) atau biasa dikenal sebagai MOS (Masa Orientasi Siswa) telah dilaksanakan. Para santri baru yang datang ke Pondok Pesantren Fathan Mubina pada tanggal 27 Juli 2008 tersebut diwajibkan untuk mengikuti program Masta’arri ini selama 6 hari, acara Masta’arri diadakan di seputar lingkungan Pondok Pesantren, meliputi acara formal di aula dan di luar ruangan. Acara-acara di aula diisi dengan berbagai tema seputar perkenalan dengan Pondok Pesantren Fathan Mubina, peraturan-peraturan kepondokan, disiplin bahasa, disiplin busana, dan lain sebagainya.
Untuk acara luar ruangan, para santri baru diarahkan untuk bisa beradaptasi dengan cepat dengan lingkungan pondok pesantren. Karenanya berbagai perlombaan yang mengasah kebersamaan selalu diadakan setiap harinya, dimulai dari kompetesi futsal, hiking, camping sampai outbond. Acara outbond diadakan pada hari Rabu untuk santri putra dan hari Kamis untuk santri putri. Berbagai permainan disiapkan untuk kegiatan lapangan ini, di antaranya adalah jaring laba-laba, monkey walk, flying fox, berjalan di atas tali, sampai memancing ikan dari plastik dengan tali yang diikatkan kepada setiap anggota kelompok. Pada hari Sabtunya para santri baru peserta Masta’arri ini dijadwalkan untuk ikut kegiatan camping di seputar lingkungan Pondok Pesantren, meskipun hanya satu malam menginap di tenda para santri baru ini dilarang untuk masuk ke asrama, di selang kegiatan luar ruangan ini panitia mengadakan perlombaan di kolam renang, seperti berenang secara estafet, balapan dengan menggunakan pelampung dari ban dan lain sebagainya.
Di hari terakhir kegiatan Masta’arri ini ditutup dengan kegiatan hiking. Yaitu kegiatan yang mengasah fisik dan mental para santri, para santri putra menggunakan rute ke sebelah utara pondok pesantren dengan diharuskan mencari rute perjalanan sepanjang kurang lebih 8 km sementara para santri putri menggunakan rute sebelah selatan pondok dengan rute sepanjang kurang lebih 7 km. Pada malam harinya, sebagai acara penutupan Masta’arri, panitia mengadakan Pentas Seni dan Kreasi Santri, di mana pada acara tersebut para santri lama mendemontrasikan kebolehan mereka di depan seluruh santri baru dalam kemampuan berbahasa, drama, tarik suara, dan berbagai kreasi lainnya. Di awal acara penutupan ini pimpinan Pondok Pesantren, Ustadz H. Chairuman Kamal MA, menutup kegiatan Masta’arri dengan resmi sekaligus pula memakaikan jas almamater kepada salah seorang santri baru, sebagai tanda bahwa mereka telah resmi menjadi santri Pondok Pesantren Fathan Mubina.
