Pada tanggal 25 Maret 2009 beberapa utusan santri dan santriwati Fathan Mubina dikirimkan untuk mengikuti berbagai perlombaan di Sekolah SMART Ekselensia Indonesia. Di antara perlombaan yang digelar pada acara tersebut adalah olimpiade Matematika, Fisika, Kimia dan Biologi, Spelling Contest, Smart Cup dan Wall Graffiti. Hanya cabang Smart Cup saja yang tidak diikuti oleh santri Fathan Mubina.
Perlombaan yang bukan hanya ditujukan untuk para siswa di luar Smart tetapi ditujukan pula untuk siswa intern Smart ini diikuti oleh berbagai pondok pesantren dan sekolah-sekolah di wilayah Bogor. Sementara sebagian besarnya diikuti oleh para siswa Smart sendiri. Perlombaan-perlombaan yang diadakan direspon positif oleh pihak pondok pesantren Fathan Mubina, dan hal itu dibuktikan dengan keikutsertaan para santri pada hampir seluruh bidang lomba.
Untuk olimpiade Kimia Fathan Mubina berhasil meraih juarai I yang diperloleh oleh Fakhrul Umam sementara untuk cabang olimpiade Matematika Fathan Mubina berhasil meraih juara III yang diperoleh oleh Siti Nur Azizah. Sementara untuk cabang olimpiade yang lain perolehan juara didominasi oleh para siswa internal Smart sendiri. “Insya Allah ini adalah langkah awal bagi kita untuk terus maju meraih prestasi, terutama di bidang sains.. Dalam waktu dekat juga Insya Allah kita juga akan mengikuti olimpiade Matematika dan Bahasa Inggris di Bandung, mudah-mudahan kita juga bisa meraih juara di sana” Imbuh Ustadz Irvan Caesar Awaluddin, yang terlibat langsung membimbing para peserta.
