Para siswa/siswi dari Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah telah selesai mengikuti Masa Orientasi Siswa (MOS) selama satu minggu penuh (14 Juli s/d 19 Juli 2008). Para siswa yang non-asrama ini telah diberikan pengenalan secara menyeluruh mengenai Fathan Mubina, termasuk mengenai sejarah Fathan Mubina, struktur kepemimpinan Fathan Mubina, sistem sekolah, kedisiplinan dan lain sebagainya. Para panitia yang terlibat di dalam kegiatan MOS ini adalah para siswa yang berada di dalam struktur Organisasi Siswa Fathan Mubina (OSFAMA), dengan dewan guru sebagai pembimbingnya. Sebagaimana lazimnya kegiatan MOS di sekolah lain, para peserta MOS Fathan Mubina ini diinstruksikan untuk memakai atribut-atribut khusus, seperti topi dari bola plastik yang dibelah dua, menggunakan papan nama, sampai membawa dot bayi untuk dipakai saat para peserta MOS beristirahat. Setiap harinya selama seminggu para peserta MOS diwajibkan untuk datang ke sekolah lebih awal, mereka harus mengawali kegiatan dengan mengikuti kegiatan upacara di lapangan, setelah itu mereka pergi ke aula untuk mengikuti penyajian materi, kemudian setelah acara di aula mereka diberikan berbagai macam permainan.
Di hari ke-3 acara MOS ini para peserta diwajibkan mengikuti kegiatan Out Bond. Kegiatan yang melatih keberanian dan menguji mental para peserta ini berlokasi di lapangan khusus Out Bond, arena permainan yang dipasang di sana antara lain adalah monkey walk dan flying fox. Sebagian di antara mereka menunjukkan ekspresi yang gembira dan tidak sedikit pula yang menunjukkan ekspresi takut. “Out Bond ini semata-mata untuk melatih dan menguji mental serta keberanian para peserta, supaya mereka dapat menaklukkan rasa takut mereka terhadap sesuatu yang seharusnya tidak harus ditakuti. Dan permainan ini akan berpengaruh terhadap perkembangan mental anak di dalam belajar” tandas Pembina OSFAMA Madrasah Tsanawiyah, Bapak Acep Fathurrahman, S.Pd.I.Di hari terakhir MOS, siswa dan siswi baru Mts dan MA Fathan Mubina ini mengikuti kegiatan camping Pramuka. Mereka mendirikan tenda di seputar area sekolah, acara pramuka ini ditutup dengan kegiatan wide game atau hiking ke seputar wilayah perkampungan sembari membagikan sembako gratis kepada orang-orang miskin yang dilakukan oleh para peserta.
